Die Vogelsburg blickt auf eine lange und ereignisreiche Geschichte zurück und ist seit Jahrhunderten ein Ort der Spiritualität. Der erste urkundliche Nachweis der Vogelsburg stammt aus dem Jahr 874. Zu dieser Zeit war sie ein Königsgut der Karolinger und diente als Fliehburg. Der Name Vogelsburg ist die volkstümliche Aussprache von „Vugalisburg“, was Fliehburg oder Fluchtburg hieß.
Mit Urkunde vom 29. Juni 906 wurde die Schenkung der Vogelsburg durch Kaiser Arnulf an das Kloster Fulda seitens König Ludwig IV. bestätigt. Um 1100 gelangte sie dann in den Besitz der Grafen von Castell. 1282 übergab Graf Hermann II. die Burg den Würzburger Karmelitern zur Gründung eines Klosters.
Im Bauernkrieg im Jahre 1525 wurde das Kloster gebrandschatzt. Von der Kirche blieb nur der spätgotische Chorraum erhalten. Die Mönche siedelten zu diesem Zeitpunkt nach Würzburg um und verwalteten von dort die Gebäude. 1803 wurde die Anlage in private Hände verkauft. 1895 erwarb der Würzburger Privatier Josef Walter die Vogelsburg, um eine Ausflugsgaststätte zu errichten. Mit Eröffnung der Bahnlinie nach Volkach setzte ein großer Zustrom ein. Josef Walter wollte zusätzlich ein geistiges und religiöses Zentrum errichten und erhielt hierbei tatkräftige Unterstützung durch seine Tochter Philippine. Sie übertrug die Vogelsburg am 1.1.1957 an die Gemeinschaft der Augustinusschwestern.
Am 1. Januar 2011 hat die Gemeinschaft der Augustinerschwestern die Vogelsburg als Einheit auf die Stifutung Juliusspital Würzburg übertragen. Das Juliusspital wird den von den Augustinusschwestern geprägten Geist an diesem historisch, kulturell und landschaftlich besonderen Ort bewahren. Sie wird die Vogelsburg als erkennbare Einheit, als Ort der Spiritualität und der Begegnung erhalten, insbesondere auch durch Erhaltung der Gebäude und Fortführung einer lebendigen Liturgie in der Kirche „Mariä Schutz“. Zusätzlich hat sich die Stiftung Juliusspital konkret verpflichtet, den auf der Vogelsburg lebenden fünf Augustinusschwestern ein Wohnrecht auf Lebenszeit im sog. Konventbau einzuräumen und sie bei Pflegebedürftigkeit zu versorgen.